中华人民共和国成立后,任复旦大学数学系教授、中国科学院数理化学部委员、中国数学学会副理事长、九三学社中央委员。1956年赴苏联出席全苏数学大会。1958年任杭州大学副校长、兼任复旦大学校务委员、数学系函数论教研室主任、浙江省人民委员会委员、浙江省科协主席等职。是第一至四届全国人民代表大会代表。1971年4月11日病逝于杭州。
陈建功毕生从事数学教学和研究工作,培养出大批数学人才,在数学理论上作出杰出贡献,是中国函数论学科奠基人。在三角级数方面更为突出,是“三角级数论”、“复变函数论”、“实函数论”、“函数逼近论”等数学分支学科带头人,先后在国内外发表数学论文60多篇,著译10多种。主要专著有《三角级数论》(日文),《直交函数级数的和》、《实函数论》等,译作有《单叶函数论中的一些问题》、《复变函数的几何理论》等。《中国近现代人名大辞典》有录。